Het "Verdrag inzake de samenwerking op het gebied van cultuur, onderwijs, wetenschappen en welzijn tussen de Vlaamse Gemeenschap in het Koninkrijk België en het Koninkrijk der Nederlanden" is de basis waarop CVN haar missie bouwt.  CVN heeft een bijzondere positie, tussen het werkveld en de departementen in. Zij ziet dan ook bij uitstek haar taak in het vormen van een brug tussen de twee werelden.  Kort samengevat formuleert CVN haar missie als volgt:

CVN wil, binnen het kader van het Vlaams-Nederlands Cultureel Verdrag en gebruikmakend van de expertise en het netwerk als bijeengebracht in de Commissie, kansen voor optimale verbondenheid en samenwerking tussen Vlaanderen en Nederland signaleren en de benutting ervan stimuleren. 

CVN geeft haar missie concreet vorm in het schrijven van beleidsadviezen voor de Vlaamse en Nederlandse ministers, zowel gevraagd als op eigen initiatief. Deze adviezen komen tot stand in samenwerking met Vlaamse en Nederlandse experts uit het veld. Daarnaast fungeert CVN als contactpunt om de Vlaams-Nederlandse samenwerking te ondersteunen en aan te jagen.